L’EPTB Saône-Doubs porte et anime la démarche globale de contrat de rivière sur l’axe Saône. Ce contrat est scindé en 3 parties : la partie amont correspondant à la partie de la Saône dans les Vosges et en Haute-Saône ; la partie médiane correspondant à la Saône en côte d’Or et Saône-et-Loire ; et la partie aval correspondant à la Saône en Auvergne-Rhône-Alpes. L’EPTB Saône et Doubs apporte une assistance technique et administrative (assistance à maîtrise d’ouvrage) auprès des collectivités locales (communes, communautés de communes) dans l’exercice de leurs compétences via la mise à disposition d’un personnel qualifié et exerce sur les communes riveraines de l’axe Saône la maîtrise d’ouvrage directe de travaux afin de répondre aux importants enjeux du territoire liés notamment à la restauration des continuités écologiques, la restauration morphologique des cours d’eau et la préservation des ressources, des milieux naturels et de leur fonctionnement.
L’EPTB Saône et Doubs anime également le SAGE de la Tille (affluents rive droite de la Saône en Côte d’Or essentiellement).
